Ngày 3 tháng 8 năm 2009, Giáo chủ Ali Khamenei chính thức công nhận Ahmadinejad đắc cử nhiệm kỳ thứ nhì trong một buổi lễ nhằm chứng tỏ sự đoàn kết trong thành phần lãnh đạo quốc gia này nhưng đã bị tẩy chay bởi những người phản đối kết quả cuộc bầu cử vừa qua. Sau khi Giáo chủ Khamenei loan báo việc chính thức công nhận Ahmadinejad là tổng thống nhiệm kỳ hai, ông đã không để cho Ahmadinejad hôn lên hai bên má như lệ thường mà chỉ cho hôn lên vai, một điều giới quan sát cho là chỉ dấu của sự xa cách mà giáo chủ Khamenei muốn đưa ra. Cuộc gặp gỡ này để chuẩn bị cho việc Ahmadinejad tuyên thệ nhậm chức trước nghị viện vào ngày 5 tháng 8, nơi nhiều nhà lập pháp có tinh thần cải cách đã lên tiếng bày tỏ sự nghi ngờ về kết quả của cuộc bầu cử ngày 12 tháng 6.

Buổi lễ chứng nhận của Giáo chủ Khamenei cho thấy rõ ràng sự chia rẽ chính trị trầm trọng mà Ahmadinejad và những người ủng hộ ông phải đối phó trong thành phần giáo sĩ lãnh đạo Iran. Buổi lễ bị sự tẩy chay của hai cựu Tổng thống - Akbar Hashemi Rafsanjani và Mohammad Khatami - cũng như hai ứng cử viên có khuynh hướng cải cách là Mir Hossein Mousavi và Mahdi Karroubi, theo nguồn tin từ cơ quan truyền thông nhà nước Iran. Các đài truyền hình chính ở Iran không trực tiếp truyền hình buổi lễ trong một nỗ lực rõ ràng là để dân chúng trong nước không nhìn thấy sự tẩy chay. Tuy nhiên các chương trình ngoại ngữ lại chiếu nhiều hình ảnh của Khamenei và Ahamadinejad, có lẽ để chứng tỏ sự đoàn kết đối với quốc tế.

Khamenei gọi cuộc bầu cử ngày 12 tháng 6 là một "trang vàng" trong lịch sử chính trị Iran và cũng là "cuộc bỏ phiếu chống sự xấc láo và là sự kháng cự can đảm chống lại thành phần quốc tế muốn tìm cách thống trị," ám chỉ Hoa Kỳ và đồng minh. Cùng lúc, có hơn 100 người, kể cả nhiều nhân vật chính trị nổi tiếng có khuynh hướng cải cách, bị đem ra xử vì bị coi đã ủng hộ các cuộc bạo động sau ngày bầu cử.